Desde el punto de vista embriológico, el aparato urinario y genital están íntimamente relacionados, ya que ambos derivan en su mayor parte del mesodermo intermedio, que son dos columnas ubicadas en la pared abdominal posterior, a los costados del tubo digestivo. Los conductos excretores de ambos aparatos desembocan en una cavidad común que se denomina cloaca en los estadios iniciales.

Entre la 4 y 8 semanas de gestación, se desarrolla en la cresta urogenital interna un complejo glomérulo tubular denominado mesonefros. Los glomérulos drenan en túbulos secundarios que se unen a un tubo primario o conducto mesonéfrico de Wolf, originado en el mesodermo caudal donde se une distalmente a la cloaca. La característica destacable es que luego la orina ya no se evacua a través de una cloaca común junto con las deyecciones digestivas, sino que lo hace en forma independiente, periódica y controlada gracias a la vejiga. A este grado de organización se llega en el embrión a partir de la novena semana mediante el metanefros o riñón definitivo. El metanefros dará lugar a riñones de mayor complejidad secretora desarrollados a partir del mesodermo intermedio. Los riñones en formación drenan en un TUS originado a partir de una estructura tubular que se origina en el extremo caudal del conducto mesonéfrico (conducto de Wolf) denominado brote ureteral de Küpfer que da origen al uréter, pelvis, cálices y túbulos colectores, y que su extremo caudal se funde en el seno urogenital (derivado de la cloaca endodérmica) que dará origen a la vejiga y el segmento proximal de la uretra.

Es interesante conocer con más detalle el desarrollo embrionario pues en él se encuentra la explicación de las malformaciones renales, cuya expresión más sencilla (médicamente poco trascendente) es el quiste simple de riñón presente en el 50 % de la población adulta.